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新企业在电子税务局注册公司的流程如下。
1、访问电子税务局官网，并使用法定代表人或财务负责人等办税人员的电子税务局账号进行登录。
2、在登录后在首页选择“注册”功能。
3、进入“注册”功能后，选择“企业用户注册”选项。
4、按照提示填写统一社会信用代码和法定代表人身份证件等相关信息，完成企业实名验证，验证通过后，按照提示设置新企业的电子税务局账号密码。
5、选择“我要办税”选项，再选择“综合信息报告”，然后选择“新办纳税人套餐”，进入后填写相关信息并提交申请即可，提交申请后，后台工作人员会审核相关信息是否准确，审核通过后，企业就可以使用之前设置的账号密码登录电子税务局进行后续操作了。
需要注意的是，具体的操作流程可能因地区或系统更新有所不同，建议根据当地电子税务局官网的具体指引完成注册流程，完成注册后，企业应及时关注电子税务局的更新和通知，以便后续操作和管理。